Geç antikçağ felsefesi, Plotinus tarafından öne sürülmüş ve Porphyrius ile Iamblicus gibi yazarlar tarafından ele alınıp geliştirilmiş olan Platon'un düşüncelerinin hâkimiyeti altındadır. V. yüzyıl başlarında Atina'da Yeni-Platoncu okulun kurulması, söz konusu dönemde felsefe çalışmaları için program oluşturulmasında belirleyici bir aşama daha oluşturur. Atinalı âlimler yukarıda sözü geçen hocaların doktrinlerine dayanarak felsefenin bütün unsurlarım içeren ve Aristoteles'ten Platon'a ve Platon'dan teolojinin kaynaklarına, yani tanrıların vahiylerine kadar uzanan bir diziye dayalı bir eğitim planı öne sürer. Özellikle Likya asıllı büyük âlim Proklos Platon'un teoloji konusundaki en önemli diyalogu olduğuna inandığı Parmenides'ten kaynaklanan kavramlara atıfta bulunarak teoloji biliminin sistematik olarak açıklanması projesini tasarlar. Ancak Platon gibi Proklos da sadece kelimelerle yetinmek istemez: Platon'un Devlet adlı eserini konu alan, kurulu düzene getirdiği eleştiriyi gizlemediği ve filozofların en önemli görevinin kent yönetimiyle ilgilenmek olduğunu söyleyen Sokrateses'in öğretisine dikkat çeken muhteşem yorumla zirveye ulaşacak olan teorik faaliyetlerinin yanı sıra “siyasal erdem”lerini topluma katkı yoluyla kent meselelerinin konu edildiği halka açık toplantılara katılımla ve Yunan şehir devletlerinin yönetici sınıflarıyla oluşturduğu mektuplaşmaya dayalı ilişkiyle ifade eder. Roma siyasal otoritesi gibi Bizans siyasal otoritesi de filozofların oluşturduğu yıkıcı potansiyel konusunda daima dikkatli davranmıştır. Dolayısıyla felsefe öğretimini kontrol altına almak için önce Atina'da doğrudan imparator tarafından finanse edilen kürsüler oluşturulur, sonra da Beyrut, Atina ve İskenderiye gibi antikçağın retorik, hukuk ve felsefe alanlarındaki eğitim merkezlerini zayıflatmak amacıyla tek bir mükemmellik odağı II. Theodosius tarafından 425'te kurulan ve Konstantinopolis Üniversitesi olarak bilinen kurum yaratılır. Ancak Atina ile İskenderiye V ila VI. yüzyıllar arasında didaktik ve felsefi araştırma merkezleri olarak itibarlarını korumayı başarırlar. Genelde farklı, hatta zıt bir felsefi amaca sahip olan Atina ile İskenderiye okulları arasında bağlantıların var olduğu, sürekli olarak öğretmen değiş tokuşu olmasından da anlaşılır, örneğin Atina Okulu'nda Proklos'un halefi olan Damascius ilk olarak İskenderiye'de felsefe eğitim almıştı.
İki okul arasındaki asıl fark, siyasi ve dini meseleler karşısında sergiledikleri tavırda ortaya çıkar: Hristiyanlığa karşı daha az düşman tavırlar sergileyen, hatta Johannes Philoponus ve daha sonra Davut, İlyas ve Stephanus zamanında Hıristiyanlığı açıkça destekleyen İskenderiye okulunun temsilcileri siyasal açıdan merkezi iktidara karşı daha temkinli ve uzlaşmacıyken, Atinalı meslektaşları azimli paganlardır ve Platon'un Devlet'ini örnek alan bir toplumu destekler.