Kurtuba Halifeliği'nin 1031 'de ani bir şekilde sona ermesi, İslamiyet'in İber Yarımadasındaki varlığını sonlandırmak yerine yarattığı ağır siyasal ve askeri gerilemeyle Hıristiyan hasımlarının ilerleme sürecini başlatır. Reinos de Taifa adı verilen bu yeni dönemde 250 yıldır süren Emevilerin güçlü halifeliği kırk kadar küçük krallık, emirlik ve sultanlığa bölünür.
Halifeliğin yıkıntılarından kısa sürede, Malaga'nın Hammudileri ve Granada'nın Zirileri başta olmak üzere Sakalibaların, yani Slavların veya Valencia'nın Amirileri gibi genelde Kafkas asıllı kölelerin ve Arapların Berberi Müslüman krallıkları doğar. Araplar Saragoza'da önce Yemen asıllı Tucibiler, sonra da Hudi Hanedanı altında organize olur; Toledo'da ise 1018-1081 arasında idarede olan Zunnunileri, 1022'den beri Badajoz'u yöneten Aftasidler izler. Sevilla'ya yerleşen Kadı Ebu el-Kasım muhammed med bin Abbad'ın soyundan gelen Abbadiler de 1031 - 1069 arasında Ebu Hazın Cevher bin Muhammed bin Cevher'in soyundan gelenler tarafından yönetilen Kurtuba'yı da kontrolleri altına alır. Bu topluluk bilim ve edebiyat insanlarının cömert himayesi sayesinde meşruiyet kazanmaya ve onların şöhretlerinden yararlanmaya çalışır.
Ancak Hıristiyan hasımları da eskiye göre çok daha etkili bir şekilde örgütlenir. Tarihi çok eskilere dayanan Asturya-Leon Krallığına, 1031 yılına kadar Leon'a bağlı olan Kastilya Krallığı, Aragon Krallığı ve Barselona Kontluğu eklenir. Bu arada önce Pamplona, sonra Navarra adını alan krallık, Pirene Dağları'nın en kuzeyinde yer alan Bask bölgelerini yönetmeye devam eder,16. yüzyıl başlarında da zoraki olarak İspanya Krallığıyla birleşir.
Abbadi yönetimindeki Sevilla, Endülüs'ün en önemli şehri haline gelip Kurtuba'yı da ele geçirirken , El Mutemid sayesinde Toledo'nun Leon ve Kastilya kralı VI. Alphonsus tarafından fethinin Hıristiyanlar üzerinde çok büyük psikolojik etkisi olacaktır, çünkü hem fethedilen ilk büyük Müslüman şehridir hem de eski Vizigot başkenti yeniden hristiyanların eline geçer, bu da zorlu, ama umut verici Reconquista'nın ilk adımıdır.
1078'de Sevilla halkı onur kıncı mudejar konumuna düşer, ama Endülüs'ün kaçınılmaz olarak tamamıyla parçalanması, bir süreliğine de olsa Sevilla, Badajoz, Kurtuba ve Granada elçilerinin müdahale etmesi için yalvardığı Berberi Murabıtların Sultanı tarafından engellenir.
Aynı yıl 23 Ekim'de Badajoz yakınlarındaki Zallaka'da Müslümanların kazandığı büyük zafer, İberya'daki İslam varlığının süresini uzatacak gibi görünse de kısa süre içinde Endülüs'teki en iyimser Müslümanlar bile Yusuf bin Taşfin'in yardım etmemesinin pek de özverili bir hareket olmadığını anlar.
Hudiler dışındaki Tavaif-ül-Mülk beyleri oldukça hızlı ve acımasız bir şekilde yerlerinden edilir. 1090'da Granada ve Sevilla, ertesi yıl da Alphonsus'la nafile ve zoraki bir ittifaka girmeyi deneyen Kurtuba geri alınır. Amirilerden geri aldığı Valencia'nın beyi olan El Cid de 1099'da Murabıtlarla savaşırken ölür.
Murabıtların tahttan inmesini sağlayanlar ''muvahhidler'' yine müslüman ve yine Berberidir ve Yusuf bin Taşfin'le Kuzey Afrika'nın aynı bölgesinden gelirler.
Heretik gözüyle baktıkları Murabıtlardan kurtulmak için 1123- 1124 arasında Kuzey Afrika'dan yola çıkan Muvahhidlerin Endülüs'e ulaşması 1145- 1146 yıllarını bulur; onları davet eden Murabıt beyi Muhammed bin Ganiye bölge halkıyla ters düşer. Ancak Muvahhidlerin murabıtlardan daha da hoşgörüsüz olduğunu sadece, acımasız bir şekilde zulüm görüp yeni beylerin yobaz gazabıyla neredeyse yok olan Kuzey afrika'da ki Yahudi ve Hıristiyan toplulukları değil, Endülüs'ün müslümanları da fark eder.
Muvahhidler 18 Temmuz 1195'te Kastilya kralı Alphonsus'a karşı bir zafer kazansa da, Müslümanların Las Navas de Tolosa'da uğradıkları ağır yenilgi İslamiyet'in İber Yarımadasındaki hakimiyetinin sonunun başlangıcına da işaret eder.
11. ve 13. yüzyıllar arasında neredeyse tüm Müslüman krallıkları Kurtuba, Almeria, Badajoz, Murcia, Niebla ve Valencia çeşitli Hıristiyan devletler tarafından ele geçirilir. 1110'daki Murabıt ve 1118'deki Aragon istilasından önce, 1076'da Denia ile Balearları kontrolü altına alan Saragoza'nın emiri Mücahit el-Emiri 1015-1016 arasında Sardinya'yı fethetmeyi denemiş, ancak Pisalılarla Cenevizliler arasındaki sıradışı bir ittifak sonucu geri püskürtülmüştü.
Varlığını daha uzun sürdürmeyi başaran tek Tayfa Krallığı, Granada Sultanlığı'dır, ama bunun da nedeni, 1237- 1492 arasında Kastilya'nın vassalı olma durumuna katlanmasıdır; Granada'dan toplanan altın sikkeler Kastilya'nın İslam karşıtlığını yumuşatır, sultanlık da böylece göstermelik de olsa, siyasal varlığını sürdürmeye devam eder. Las Navas de Tolosa'daki Müslüman yenilgisiyle Ocak 1492 arasında 280 yıl var-
Müslümanların dır. Bu uzun dönem kültürel açıdan olağanüstü derecede verimli geçer; siyasal açıdan Hıristiyan krallıklarını memnun ederken Müslümanlar için büyük hayal kırıklıkları yaratır. Savaşlar ve barış antlaşmaları, ağır vergiler ve entrikalar, ittifaklar ve ihanetlerle dolu geçen neredeyse üç yüzyıllık sürede karşıt safları oluşturanlar daima Müslümanlarla Hıristiyanlar değildir. Merini beyi Ebu Yusuf Yakup Endülüs'ün son şansıdır. 1275'te Cebelitarık Boğazı'nı geçer ve Kuzey Afrika kaynaklı bu üçüncü seferin kendilerine Kastilyalılardan kurtaracağını uman Granadalılar tarafından kendisine sunulan Algesiras'a girer. Ebu Yusuf'un dört yıl sonra tam da Algesiras sularında kazandığı deniz zaferi Nasri Sultanlığı'nın kayıplarını telafi eder gibidir, ama Ebu Yusuf'un halefi Ebu Yakup aynı başarıyı sürdüremez, çünkü kendi ülkesinde de Tlemsenli Abdülvadilerin giderek artan husumetiyle karşı karşıyadır.
Merini beyi Ebu El-Hasan Ali'nin gösterdiği çabalar işe yaramaz. 30 Ekim 1340'ta Rio Salado üzerinde uğranılan ağır yenilgi Endülüs'ün hayatta kalma umutlarını tamamıyla söndürür.
Dağılmakta olan siyasal ve askeri tabloyu toparlayacak bir mucize beklentisi içindeki Nasriler Elhamra'daki muhteşem saraylarında yaşamaya devam eder; son sultan olan ve Boabdil olarak bilinen Ebu Abdullah Muhammed Katolik kralların nihai kuşatmasına ve cömert sayılabilecek şartlarına boyun eğmek zorunda kalır.
Ancak İspanya'daki İslam varlığı o yıl sona ermez. Geriye kalan ve kırsal kesimde göze batmadan tarlalarda mütevazı işlerde titiz bir şekilde çalışarak yaşamaya çalışan Müslümanlar giderek daha çok zulme ve zalim bir ayrımcılığa maruz kalır. Kardinal Ximenes de Cisneros'un uyguladığı zalim baskılar sonucunda birçoğu zorunlu olarak Hıristiyanlığı kabul eder ve onlar için moriscos terimi kullanılmaya başlanır, çünkü durumları, Hıristiyanlığı isteyerek seçen tomadizosa göre farklılık gösterir.Bir yüzyıldan uzun bir süre bu kabus gibi ortamda yaşayan Müslüman Endülüslüler yayınlanan bir emirnameyle nihai olarak ülkeden gönderilir Onların çalışkanlıklarından ve yeteneklerinden yararlananlar Kuzey Afrika ile Osmanlı İmparatorluğudur. Bu arada İspanya da ciddi boyutta bir tarım kriziyle karşı karşıya kalmaya başlasa da bu kriz, Yeni Dünya'yı talan eden Conquistadoresin geri getirdiği Amerikan altınının ardında gizlenir.