Babası Sultan Üçüncü Murad, annesi Safiye Sultan'dır. İsmini, Fatih Sultan Mehmed'e benzemesi için, büyük dedesi Kanûnî Sultan Süleyman koydu.
Sultan Üçüncü Mehmed, annesini çok sever, sayar ve dinlerdi. Bundan yararlanan annesi Safiye Sultan, Osmanlı sarayında hâkimiyet kurdu. Bazı konularda Padişahı zorlayıp istediğini yaptırıyor, bu da devlet işlerinde karışıklıklara sebep oluyordu. Dindar olup, tasavvufa da son derece meraklıydı. Hz. Muhammed'in ismi anılınca, saygısından derhal ayağa kalkardı. 3. Mehmed devri, duraklama dönemine rastlar. Sultan Üçüncü Mehmed, kolayca üzüntüye kapılır, yemekten, içmekten kesilirdi. Celâlî isyanları ve İran savaşlarının çok uzun sürmesi onu büyük üzüntü içinde bıraktı.