Çeklerin bankalar arasında hesaben mutabakatını sağlamak amacıyla 1985 yılında TCMB tarafından kurulmuş olan, tüzel kişiliği haiz bir ödeme sistemidir. BTOM'da TCMB tarafından çıkartılan Tebliğ esaslarına uygun Türk lirası çekler işleme alınmaktadır. Sistem netleştirme esasına göre çalışmaktadır. Bünyesinde çekle işleyen hesapları bulunan ve bankalararası takas odası kurulu yerlerde şubeleri olan bankalar, bankalararası takas odalarının faaliyetlerine en az bir şubeleri ile katılmak zorundadırlar. BTOM'da çek takası işlemleri, 30 Ekim 2013 tarihinden itibaren faaliyete geçen Yeni Elektronik Çek Takas Sistemi ile elektronik ortamda çeke ilişkin bilgilerin iletilmesi esasına dayanılarak yapılmaktadır.